Удаляем символы CTRL-M (^M) из файла

Без замены ^M на \n

sed -i -e 's/\r//g' yourfile.txt

С заменой ^M на \n

sed -i -e 's/\r/\n/g' yourfile.txt

Чтобы ввсести символ ^M нужно нажать CTRL-V и следом CTRL-M. Или зажать CTRL и нажать последовательно V и M

% sed -e "s/^M//" filename > newfilename