Поиск и сравнение установленных пакетов в системе

Рома, специально для тебя. И тегов побольше наставил

Утилита для проверки установленных пакетов, может вычислять что было поставлено из пакетов но потом было изменено:

apt install debsums
debsums -ca

А это что установили в систему, не через пакеты:

apt install cruft
cruft --ignore /boot --ignore /sys --ignore -r ~/tmp/sys-cruft-report.txt