Вроде же все просто, да? Но есть одно НО:
Если у пользователя имеется сохраненный брелок [keyring], то при попытке обращения к нему будет выдан запрос старого (!!!) пароля. Многие другие gnome приложения используют этот механизм для хранения паролей, например NetworkManager. Т.е. войти в систему с новым паролем можно, а wifi у вас работать не будет (к примеру).
Через командную строку:
# passwd имя_пользователя
Через GUI:
Идем через меню: Приложения → Стандартные → Пароли и ключи шифрования, щелкаем правой кнопкой на «Пароли:login», выбираем «Изменить пароль»