Можно обновлять через веб-интерфейс, а можно через командную строку.
Переходим в папку где установлен Nextcloud (например /var/www/nextcloud) и делаем следующее:
# cd updater # sudo -u nextcloud php updater.phar
Запускается процесс обновления, далее читаем надписи и даем ответы на вопросы.
Если обновление не стартует с сообщением вида «Step 4 is currently in process. Please call this command later.» - нужно удалить файл <folder-with-nextcloud>/data/updater-<randomstring>/.step